Descartes dedicó mucho tiempo al estudio de esta glándula, conocida, entonces, como el "sitio donde se encuentra el alma". Él creía que este órgano representaba el punto de conexión entre el entendimiento y el cuerpo. Lo que resultaría, en parte, de su creencia de que como centro anatómico, esta formación endocrina era única en la estructura del cuerpo humano, ya que no estaba presente en ambos lados del cuerpo --- derecho e izquierdo --- lo que la hiciera anómala.
La última observación sería inexacta ya que bajo el microscopio se determina que la glándula pineal se divide en dos delicados hemisferios. Aunque aún no sabemos la importancia que el genio de Descartes asignaba a la simetría anatómica en este caso en particular, es posible que su pensamiento científico, en esta ocasión, fuera afectado por sus deliberaciones de matemático egregio.
Otra teoría común, en tiempos de Descartes, era que la glándula pineal operaba como una válvula, descargando fluidos cuando era activa. Por tanto, la posición preferida durante el pensamiento profundo consistía en bajar la cabeza ligeramente apoyándose en la mano, para permitir la apertura de dicha "válvula" --- como vemos en la estatua El Pensador de Rodin.
La glándula pineal o epífisis gozó por muchos años de importancia singular, especialmente entre los filósofos, quienes le atribuyeran propiedades místicas o mágicas.
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